後期臨床研修は2年間の初期研修を終えた後3年目からの整形外科研修1年間は大学で研修していただくことになります。大学研修中に手外科・肩班、下肢関節・スポーツ班（再生医療班）、脊椎班、腫瘍班、希望があれば救急（ER）をローテーションして整形外科各疾患の基礎知識、手術適応、一般的な手技を学ぶ事になります。大学研修後は指導医が在籍する施設で指導医の専門分野に加え外傷を中心に手術を経験していただきます。希望に応じてレジデントからでも大学院入学は可能です。

各後期研修医が上級医とともに実際に患者を担当し診断、検査、手術適応の決定、実際の手術について臨床研修を行い、各疾患について対応できる能力を身につけるべく学習してもらうことになります。またそれぞれの症例について術前術後のプレゼンテーションを各自行うことによってさらに深い知識とプレゼン能力を身につけることができます。1年間で最低1回の国内学会発表を各グループ指導医のもと行い、専門医取得に必要な和文論文の作成を経験してもらいます。また臨床の現場での実地研修と平行し各分野専門医による研修医レジデント向けのショートレクチャーを開催し基礎知識のベースアップを図るようプログラムを作成しています。