臨床研修修了後（卒後3年目以降）は、レジデント・大学院生のコースがある。
レジデントは、特定の診療科（部）または医療人育成研修センター卒後研修室に所属し、専門医としての研修を行うと共に、当院（ＩＣＵ、救命救急等）、ささやま医療センターでの診療にも携わる。
また、大学院生は、兵庫医科大学大学院医学研究科は昼夜開講しており、レジデントとして勤務しながら研究を行うことができる。