急性医療総合センター4階と5階に、計17の手術室と中央滅菌室を配置して、年間9,000件（アイセンターでの手術を含む）以上の手術を行っています。
各部屋は多様な手術に対応可能な広さを有し、緊急時にも速やかな対応ができるよう工夫しています。

手術センターは急性医療総合センター内にあります。

急性医療総合センターは災害拠点病院及び特定機能病院として、高度医療センターの整備を目的とし、救命救急センター、手術センター、集中治療センター等を集約して配備し、大規模災害時にも機能し得る施設として2013年4月にオープンしました。急性医療、高度医療が1つの施設に集約化されているため、互いの連携もスムーズで、集学的な治療を行いやすい環境です。

最新設備も充実しています。ハイブリッド手術室は最新の放射線機器を詰め込んだ手術室で、心臓血管外科や脳神経外科の高度な手術に対応できます。手術支援ロボット「ダ・ヴィンチ」は、2018年から最新型のXiに更新され、さらに精密な手術が泌尿器科、上部および下部消化管外科、産科婦人科、呼吸器外科、耳鼻咽喉科・頭頸部外科で行われています。

さらに、医療の質と安全性を担保するために、そして医療の透明性を確保するために、手術映像を一括管理するシステムを導入し、電子麻酔記録とともに術中記録を収集しています。