兵庫医科大学病院のアイセンターとは、眼科専用の手術室をさします。
アイセンターは急性医療総合センターの5階にありますが、眼科病棟のある10号館の6階と渡り廊下で直接つながっており、眼科病棟からすぐにアイセンターに移動することができます。
アイセンターの中に手術室は3室あり、月曜日から金曜日まで午前・午後（木曜は午後）2室で手術を行っています。
3室目は緊急手術に使用しており、予定手術が長引いている時も手術の順番や列を変更し17：00までに終わるようにしています。緊急手術以外で夜遅くまで手術をしていることはありません。
アイセンターのメリットは、眼科病棟の看護師が手術室を運営していることです。以前、中央手術室で眼科手術を管理していた時は、他の診療科との順番調整により、緊急手術を遅い時間から開始することがありました。現在、アイセンターでは、病棟師長と相談し、入院の段取りとともに緊急手術の日程時間を独自に決定することが出来ます。

2011年に兵庫医科大学病院のアイセンターができました。患者さんにスムーズに手術を受けていただけるよう、急性医療総合センター5階に眼科専用のスペースが設けられ、現在3つの手術室を眼科の患者さん専用で日々稼働しています。